与本属最接近的类群为剑齿鱼属Anotopterus与帆蜥鱼科Alepisauridae并共同属于帆蜥鱼亚目Alepisauroidei.
柱蜥鱼属Sudis因为骨骼，牙齿及仔稚鱼的发育过程与其他裸蜥鱼科的成员有许多差异[2]，因此有些学者将其独立成一科Sudidae[3]但大多数学者还是维持原分类关系。
裸蜥鱼科可以分成 1.鳞片分布全身与 2.鳞片只分布于侧线这两个群：
第一类群包含 Arctozenus + Magnisudis + Paralepis + Notolepis
第二类群包含 Dolichosudis + Lestidiops + Lestidium + Lestrolepis + Macroparalepis + Stemonosudis + Uncisudis
魣蜥鱼科其下12个属，如下:
北极魣鳕属(Arctozenus)
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北极魣鳕(Arctozenus risso)
长蜥鱼属(Dolichosudis)
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几内亚长蜥鱼(Dolichosudis fuliginosa)
盗目鱼属(海盗鱼属)(Lestidiops)
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安芬盗目鱼(Lestidiops affinis)：又称海盗鱼。
低鳍盗目鱼(Lestidiops bathyopteryx)
卡氏盗目鱼(Lestidiops cadenati)
盗目鱼(Lestidiops distans)
凶猛盗目鱼(Lestidiops extrema)
细身盗目鱼(Lestidiops gracilis)
印太盗目鱼(Lestidiops indopacifica)
前鳍盗目鱼(Lestidiops jayakari )
伪似魣盗目鱼(Lestidiops pseudosphyraenoides)
黑盗目鱼(Lestidiops mirabilis)
贪食盗目鱼(Lestidiops neles)
太平洋盗目鱼(Lestidiops pacificus)
细盗目鱼(Lestidiops ringens)
尖嘴盗目鱼(Lestidiops similis)
后鳍盗目鱼(Lestidiops sphyraenopsis)
似魣盗目鱼(Lestidiops sphyrenoides)
裸蜥鱼属(Lestidium)
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大西洋裸蜥鱼(Lestidium atlanticum)
比氏裸蜥鱼(Lestidium bigelowi)
裸蜥鱼(Lestidium nudum)
长裸蜥鱼(Lestidium prolixum)
光鳞鱼属(Lestrolepis)
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中间光鳞鱼(Lestrolepis intermedia)：又称光鳞鱼。
日本光鳞鱼(Lestrolepis japonica)
刘氏光鳞鱼(Lestrolepis luetkeni)
大魣蜥鱼属(Macroparalepis)
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安芬大魣蜥鱼(Macroparalepis affinis)
短身大魣蜥鱼(Macroparalepis brevis)
达纳大魣蜥鱼(Macroparalepis danae)
约氏大魣蜥鱼(Macroparalepis johnfitchi)
长侧大魣蜥鱼(Macroparalepis longilateralis)
长体大魣蜥鱼(Macroparalepis macrogeneion)
浅黑大魣蜥鱼(Macroparalepis nigra)
大梭蜥鱼属(Magnisudis)
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大西洋大梭蜥鱼(Magnisudis atlantica)
印度大梭蜥鱼(Magnisudis indica)
背带大梭蜥鱼(Magnisudis prionosa)
背鳞鱼属(Notolepis)
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南极背鳞鱼(Notolepis annulata)
考氏背鳞鱼(Notolepis coatsi)
魣蜥鱼属(Paralepis)
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短吻魣蜥鱼(Paralepis brevirostris)
北大西洋魣蜥鱼(Paralepis coregonoides)
长魣蜥鱼(Paralepis elongata)
灿魣蜥鱼(Paralepis speciosa)
纤柱鱼属(Stemonosudis)
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布尔纤柱鱼(Stemonosudis bullisi)
热带纤柱鱼(Stemonosudis distans)
尾斑纤柱鱼(Stemonosudis elegans)
长身纤柱鱼(Stemonosudis elongatus)
尖嘴纤柱鱼(Stemonosudis gracilis)
间纤柱鱼(Stemonosudis intermedia)
大尾纤柱鱼(Stemonosudis macrura)
浅尾纤柱鱼(Stemonosudis miscella)
智利纤柱鱼(Stemonosudis molesta)
侧斑纤柱鱼(Stemonosudis rothschildi)
短腹纤柱鱼(Stemonosudis siliquiventer)
多带长裸蜥鱼(Stemonosudis multifasciatus) Ho, Russell, Graham & Psomadakis, 2019
后鳍长裸蜥鱼(Stemonosudis retrodorsalis) Ho, Russell, Graham & Psomadakis, 2019
柱蜥鱼属(Sudis)
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长胸柱蜥鱼(Sudis atrox)
透明柱蜥鱼(Sudis hyalina)
鸭嘴蜥鱼属(Uncisudis)
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长臀鸭嘴蜥鱼(Uncisudis advena)
长吻鸭嘴蜥鱼(Uncisudis longirostra)
后腹鸭嘴蜥鱼(Uncisudis posteropelvis)
四斑鸭嘴蜥鱼(Uncisudis quadrimaculata)